Visualização de Grupos Celulares por Expressão Gênica

Visualização de Grupos Celulares por Expressão Gênica

Conheça o projeto

Neste desafio, você atuará como pesquisador de bioinformática, explorando dados de expressão gênica de células individuais provenientes de um experimento de sequenciamento sintético. O objetivo é investigar, por meio de técnicas de redução de dimensionalidade, se diferentes tipos celulares podem ser identificados visualmente apenas com base nos perfis de expressão gênica.

Recursos

Materiais para você usar como base para o desenvolvimento

Instruções

Estrutura, regras e requisitos do projeto

Aplique o algoritmo de t-SNE para reduzir a dimensionalidade dos dados de expressão gênica (50 dimensões) para 2 dimensões.

Após a redução, gere dois gráficos: um gráfico 2D utilizando os dois primeiros componentes do t-SNE e um gráfico 3D utilizando os três primeiros componentes.

No gráfico 2D, utilize o componente 1 no eixo X e o componente 2 no eixo Y.

No gráfico 3D, utilize o componente 1 no eixo X, o componente 2 no eixo Y e o componente 3 no eixo Z.

Em ambos os gráficos, a cor dos pontos deve representar o atributo cell_type.

Após a visualização, realize uma análise visual para verificar se os diferentes tipos celulares apresentam agrupamentos claros e distintos no espaço projetado.


Observação

O dataset se encontra compactado na seção de recursos, é necessário extrair primeiro.


Entrega

Após concluir o desafio, você deve enviar a URL do seu código no GitHub para a plataforma.

Além disso, que tal fazer um post no LinkedIn compartilhando o seu aprendizado e contando como foi a experiência?

É uma excelente forma de demonstrar seus conhecimentos e atrair novas oportunidades!

Feito com 💜 por Rocketseat 👋

Tarefas

Use este checklist para ajudar a organizar a sua entrega

Resolução

Confira os resultados esperados do projeto

Paywall background

Envie o projeto para ver a resolução

Ao enviar seu projeto, você poderá conferir os resultados esperados

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